Ph.D. Daniel Greene ve meslektaşları, üç nadir hastalığın önceden bilinmeyen genetik nedenlerini belirlemek için hesaplamalı bir yaklaşım kullandı: birincil lenfödem, torasik aort anevrizması hastalığı ve doğuştan sağırlık. Hücrelerin bu mikroskopik görüntüsünde, bazı lenfödem hastalarında bulunan ERG adlı bir proteinin mutasyona uğramış hali yeşil, hücre çekirdekleri ise mavi ile gösterilmiştir. Normalde, ERG proteini yalnızca hücre çekirdeklerinin içinde bulunur. Ancak hastalarda görülen mutant form, çekirdek dışında, hücrelerin sitoplazmasında dağılmıştır. Kredi: Imperial College London, Ulusal Kalp ve Akciğer Enstitüsü’nden Ph.D. Daniela Pirri ve Ph.D. Graeme Birdsey, Nature Medicine makalesinin ortak yazarlarıdır.
{ 6}Mount Sinai’deki araştırmacılar, primer lenfödem, torasik aort anevrizması hastalığı ve konjenital sağırlığın önceden bilinmeyen genetik nedenlerinin tanımlanmasını sağlayan hesaplamalı bir yöntem geliştirdi.
Icahn Okulu’ndan araştırmacılar Mount Sinai’deki Tıp Bölümü, meslektaşları ile birlikte, nadir hastalık kohortlarından kapsamlı genetik veri setlerini analiz etmek için geliştirdikleri yeni bir hesaplama yaklaşımı kullanarak üç nadir durum için yeni genetik nedenler keşfettiler – birincil lenfödem, torasik aort anevrizması hastalığı ve konjenital sağırlık.
Proje, İngiltere’deki Bristol Üniversitesi, Belçika’daki KU Leuven, Tokyo Üniversitesi, Maryland Üniversitesi, Imperial gibi dünyanın çeşitli yerlerinden araştırmacıların dahil olduğu ortak bir çabaydı. College London ve diğerleri.
Bu ve diğer bozukluklarla ilişkili genlerin oynadığı roller hakkında yeni edinilen bilgiler, potansiyel tedaviler geliştirmek için bir temel sağlayabilir. Sonuçlar Nature Medicine dergisinde yayınlandı.
Nadir hastalıklar yaklaşık 20 kişiden 1’ini etkiliyor, ancak hastaların yalnızca küçük bir kısmına genetik tanı konuyor. Kayıtlı 10.000 nadir hastalığın yarısından azının bilinen bir genetik nedeni vardır. Nadir hastalık hastalarının geniş kohortlarının genom dizilimi, bilinmeyen kalan genetik nedenleri keşfetmeye yönelik bir yol sağlar. Ancak araştırmacılar, büyük genetik veri kümeleriyle çalışmanın zor olduğunu ve araştırmayı önemli ölçüde yavaşlattığını söylüyor.
“Nadir hastalıklar bireysel olarak nadir olsa da, toplu olarak oldukça yaygındır. Icahn Mount Sinai’de Genetik ve Genomik Bilimler Doçenti olan kıdemli çalışma yazarı Ph.D. Ernest Turro, insan biyolojisini anlamamız ve geri kalan nedenlerin bulunması teşhis ve tedavilerin geliştirilmesi için önemlidir. “Nadir bir hastalığı olan birçok insan, genetik bir teşhis elde etmek için yıllarca mücadele ediyor. Nadir hastalıkların yeni nedenlerini bulmak için istatistiksel yöntemler ve hesaplamalı yaklaşımlar geliştirip uygulayarak, bu hastalıkların altında yatan nedenlere ilişkin bilgileri genişletmeyi, hastalar için teşhis süresini kısaltmayı ve tedavilerin geliştirilmesinin önünü açmayı umuyoruz.”{ 4}
Araştırmacılar, fenotipli ve tam genom sekanslı nadir hastalık hastalarının en büyük veri setlerinden biri olan 100.000 Genom Projesi’ndeki 77.539 katılımcıdan alınan verileri kullanarak 269 nadir hastalık sınıfından oluşan bir koleksiyon üzerinde çalıştı. Araştırmacılar, daha önce literatürde bulunmayan 19 ilişki de dahil olmak üzere, genler ve nadir hastalık sınıfları arasında 260 ilişki belirledi. Yazarlar, uluslararası bir akademik işbirliği aracılığıyla, diğer ülkelerdeki ek vakaları belirleyerek ve deneysel ve biyoinformatik yaklaşımlarla en akla yatkın üç roman ilişkisini doğruladılar.
“Hesaplamalı çerçevemizin, kalanların keşfini hızlandırmaya yardımcı olacağını umuyoruz. nadir görülen hastalıkların bilinmeyen etiyolojileri. Icahn Mount Sinai’de doktora sonrası araştırmacı ve baş yazarı Daniel Greene, “Şimdilik, daha önce açıklanamayan birincil lenfödem, torasik aort anevrizması hastalığı ve sağırlığı olan bazı ailelerde genetik tanıya ulaşılabileceğini umuyoruz” dedi. çalışma. “Ayrıca, nadir hastalıkların genetik nedenlerini ortaya çıkarmaya devam etmek amacıyla yöntemlerimizi yeni yöntemlerle ve diğer veri kümelerinde uygulamayı planlıyoruz.”
Referans: “77.539 genomun genetik ilişkilendirme analizi, nadir hastalık etiyolojilerini ortaya koyuyor Daniel Greene, Genomics England Research Consortium, Daniela Pirri, Karen Frudd, Ege Sackey, Mohammed Al-Owain, Arnaud P. J. Giese, Khushnooda Ramzan, Sehar Riaz, Itaru Yamanaka, Nele Boeckx, Chantal Thys, Bruce D. Gelb, Paul Brennan , Verity Hartill, Julie Harvengt, Tomoki Kosho, Sahar Mansour, Mitsuo Masuno, Takako Ohata, Helen Stewart, Khalid Taibah, Claire L. S. Turner, Faiqa Imtiaz, Saima Riazuddin, Takayuki Morisaki, Pia Ostergaard, Bart L. Loeys, Hiroko Morisaki, Zubair M. Ahmed, Graeme M. Birdsey, Kathleen Freson, Andrew Mumford ve Ernest Turro, 16 Mart 2023, Nature Medicine.
DOI: 10.1038/s41591-023-02211-z