Birleşik Krallık’taki araştırmacılar, insan genleri tarafından kodlanan, üzerinde yeterince çalışılmamış binlerce proteinin listelendiği, halka açık bir veritabanı olan “unknome”u geliştirdi. Platform, mevcut bilimsel bilgilere dayalı olarak her proteine bir “bilinenlik” puanı atayarak araştırmacıların, çoğu hücresel süreçlerde kritik rol oynayan bu proteinlerin işlevlerini keşfetmesine yardımcı olur.
Keskinleştirerek araştırmayı hızlandırma bilinmeyen proteinlere odaklanılıyor.
Birleşik Krallık’taki araştırmacılar, herkesin erişebileceği yeni bir veritabanı geliştirdiler ve bunun zamanla küçüleceğini umuyorlar. Bunun nedeni, insan genomundaki genler tarafından kodlanan, varlığı bilinen ancak işlevleri çoğunlukla bilinmeyen, üzerinde yeterince çalışılmamış binlerce proteinin bir özeti olmasıdır.
“Bilinmeyen” olarak adlandırılan veri tabanı, İngiltere Oxford Üniversitesi Dunn Patoloji Okulu’ndan Matthew Freeman ve Cambridge, İngiltere’deki MRC Moleküler Biyoloji Laboratuvarı’ndan Sean Munro ve meslektaşları tarafından gerçekleştirilmiştir ve açık erişimli PLOS Biology dergisinde anlatılmıştır. Veritabanındaki bir protein alt kümesi üzerinde yaptıkları kendi araştırmaları, çoğunluğunun, gelişim ve strese karşı dayanıklılık da dahil olmak üzere önemli hücresel işlevlere katkıda bulunduğunu ortaya koyuyor.
İnsan genomunun dizilimi, bu proteinin binlerce muhtemel proteini kodladığını açıkça ortaya koydu. Kimlikleri ve işlevleri henüz bilinmeyen protein dizileri. Bunun birçok nedeni var; bunlar arasında, kısıtlı araştırma bütçelerini zaten bilinen hedeflere odaklama eğilimi ve hücreleri bu proteinlerin işlevi hakkında sorgulayacak araçların (antikorlar dahil) bulunmaması da var.
Ancak riskler Yazarlar, bu proteinlerin göz ardı edilmesinin önemli olduğunu, zira bazılarının, belki de birçoğunun kritik hücre süreçlerinde önemli roller oynamasının muhtemel olduğunu ve her ikisinin de terapötik müdahale için bilgi ve hedefler sağlayabileceğini öne sürüyorlar.
Daha hızlı araştırmayı teşvik etmek Yazarlar bu tür proteinlerden, her proteine bir “bilinenlik” puanı atayan ve bilimsel literatürdeki işlev, türler arası koruma, hücre altı bölümlendirme ve diğer unsurlarla ilgili bilgileri yansıtan bilinmeyen veri tabanını oluşturdular.{ 4}
Bu sisteme göre bilinenleri sıfıra yakın olan binlerce protein vardır. Model organizmalardan gelen proteinler, insan genomundan gelenlerle birlikte dahil edilmiştir. Veritabanı herkese açıktır ve özelleştirilebilir olup, kullanıcının farklı öğelere kendi ağırlıklarını vermesine olanak tanır, böylece kendi araştırmalarına öncelik vermek için kendi bilinenlik puanları kümesini oluşturur.
Veritabanının faydasını test etmek için, yazarlar, sineklerde karşılaştırılabilir genlerin bulunduğu ve her iki türde de bilinen puanları 1 veya daha az olan 260 geni seçtiler; bu da onlar hakkında neredeyse hiçbir şeyin bilinmediğini gösteriyordu. Birçoğu için genin tamamen nakavt edilmesi, sinekteki yaşamla bağdaşmıyordu; kısmi devre dışı bırakmalar veya dokuya özel devre dışı bırakmalar, büyük bir kısmının doğurganlığı, gelişimi, doku büyümesini, protein kalite kontrolünü veya stres direncini etkileyen temel işlevlere katkıda bulunduğunun keşfedilmesine yol açtı.
On yıllardır süren ayrıntılı araştırmalara rağmen, sonuçlar şunu gösteriyor: Araştırmaya göre en temel düzeyde bile anlaşılması gereken binlerce sinek geni var ve aynı durum insan genomu için de açıkça geçerli. Munro, “Bu karaktersiz genler ihmal edilmeyi hak etmedi” dedi. “Veritabanımız, bilinmeyen işlevi olan önemli genleri analiz için belirlemek ve seçmek için güçlü, çok yönlü ve etkili bir platform sağlıyor, böylece bilinmeyenin temsil ettiği biyolojik bilgi açığının kapatılmasını hızlandırıyor.”
Munro şunu ekliyor: ” Binlerce insan proteininin rolü belirsizliğini koruyor ancak araştırmalar halihazırda iyi anlaşılmış olanlara odaklanma eğiliminde. Bu sorunu çözmeye yardımcı olmak için, proteinleri haklarında ne kadar az şey bilindiğine göre sıralayan bir Unknome veritabanı oluşturduk ve ardından cehaletin biyolojik keşiflere nasıl yol açabileceğini göstermek için bu gizemli proteinlerden bir seçki üzerinde işlevsel taramalar gerçekleştirdik.”
Referans : “Fonksiyonel bilinmeyenler: İşlevi bilinmeyen korunmuş genlerin sistematik taranması” Yazan: João J. Rocha, Satish Arcot Jayaram, Tim J. Stevens, Nadine Muschalik, Rajen D. Shah, Sahar Emran, Cristina Robles, Matthew Freeman ve Sean Munro, 8 Ağustos 2023, PLOS Biyoloji.
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002222
Bu çalışma, Birleşik Krallık Araştırma ve Yenilik’in bir parçası olarak Tıbbi Araştırma Konseyi tarafından desteklenmiştir. RDS, Mühendislik ve Fizik Bilimleri Araştırma Konseyi ve Alan Turing Enstitüsü tarafından Turing Bursu aracılığıyla finanse edildi. Fon sağlayıcıların çalışmanın tasarımında, veri toplama ve analizinde, yayınlama kararında veya taslağın hazırlanmasında hiçbir rolü yoktu.